在对GCMS进行使用时，不仅要明确工作原理，性能指标，同时还应当要对具体的构造有所了解。不同的造成部件，相应的作用与影响往往会有所不同，为此就应当要全方面进行了解，确保GCMS效能的最大化。
其一、对载气的选择，应当要满足相应的条件。必须是化学惰性的，必须不干扰质谱图，必须不干扰总离子流的检测，应当具备使用载气气流中，样品富集的某种特性。为了确保质谱的高真空及质谱仪的洁净，GCMS使用的载气纯度要高。主要的原因在于，如果载气的纯度较低，则会造成质谱图本底增加，噪声增加，还会造成仪器污染。
其二、气体净化器，它能够将载气当中的水及氧气除去，主要的原因在于，水及氧气会造成色谱柱损坏。特别是在高温环境下，则会迅速导致色谱柱严重损坏，将色谱柱上的固定相洗脱下来，则会造成色谱柱流失。然而，气体净化器不能除去不纯载气中的永久性气体，其它低分子有机化合物杂质成分，这些低分子有机化合物，则会对质谱本底有着较大的干扰。一旦气体净化器失效，则会导致在检查仪器是否漏气是氮峰过高而造成误判。
其三、进样口，可以让样品气化，进样口温度过高的话，则会导致样品分解，过低的话则会导致样品气化不完全。自动进样器常见的故障主要包括，重现性不好，样品残留，污染及鬼峰，注射器故障等等。
其四、隔垫的主要作用，则是将样品流路与外部隔开，进样针插入时，可以保持系统内压，防止泄漏，避免外部空气渗入污染系统。通常情况下，主要是由耐高温、惰性好、气密性好的硅橡胶制成。
广大用户在对质谱分析仪使用的时候，同样要明确相应的构造，对各个部件的作用及影响有所了解。
