据每日GPS网站2017年6月28日报道，印度本土的系统已经遇到了严重的问题，六颗卫星上的四个原子钟遇到了无释的错误。此外，21个星上时钟中有7个已经显示有麻烦。
这些时钟的正常运行对于为印度武装部队提供精确至关重要。2016年，印度空间研究组织(ISRO)承认了印度区域卫星系统(IRNSS)中某颗卫星上的三颗原子钟出现故障。
2017年6月初，印度空间研究组织A.S. Kiran Kumar说，“这些时钟运行的很好，出于重要原因考虑，我们不可能透露任务管理上的技术细节。印度空间研究组织采取了不同的策略使卫星系统运行最佳。”然而，据说已经有更多的原子钟面临了提供数据的困难，很有可能在不久的将来会发射备份卫星替代。
印度区域卫星系统建立目的是，在孟加拉湾、东南亚、印度洋、中东以及非洲等地区提供比美国GPS系统更精确的服务。2016年4月，随着区域卫星系统最后一颗卫星的发射(共7颗)，印度拥有了自己的系统。
三颗原子钟的故障并没有引起印度科学家的担心，因为在6月初，欧洲“伽利略”系统也出现了类似的状况，其星上3颗铷原子钟和6颗氢原子钟也出现了故障，其中，铷原子钟由Spectra公司制造。
然而，印度科学与工业研究理事会-国家物理实验室(CSIR-NPL)已经开发了空间应用的铷原子钟关键技术，并实现了向印度空间研究组织的技术转移。印度国家物理实验室已研制铷原子钟模型，目前正在卫星应用中心进行向IRNSS载荷集成前的进一步开发。
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